Оценка количества и качества нуклеотидов

Для оценки качества и количества ДНК, РНК и белков используют различные флуорометрические приборы. Принцип действия этих приборов основан на использовании флуоресцентных красителей, которые связываются с нуклеиновыми кислотами или белками, позволяя измерить их концентрацию с высокой точностью. В отличие от спектрофотомерии, которая измеряет общий уровень абсорбции, для измерения качества и количества используют специальные приборы, более специфичные и чувствительные к нуклеиновым кислотам, что позволяет избегать ошибок, связанных с загрязнением проб белками, фенолом или другими веществами. Самыми распространенными приборами являются Qubit и NanoDrop.

         Перед секвенированием важно точно определить концентрацию и качество нуклеиновых кислот (ДНК или РНК), чтобы обеспечить успешное проведение процедуры и получить достоверные результаты. Эти параметры влияют на эффективность библиотечной подготовки и качество данных секвенирования.

Процесс количественной и качественной оценки

1. Подготовка реагентов. Мы рекомендуем использовать коммерческие наборы для определения качества и количества нуклеотидов от компании BioDynami, эти наборы хорошо зарекомендовали себя по всему миру, как надежные реагенты для определения качества и количества нуклеотидов.
2. Подготовка проб. Для анализа берут небольшое количество ДНК или РНК (обычно несколько микролитров). Эту пробу смешивают с рабочим раствором, чтобы создать финальный объем в 200 мкл или другой подходящий объем в зависимости от модели и метода.
3. Калибровка прибора. Перед измерением проводится калибровка с использованием стандартов (один стандарт без ДНК/РНК и один с известной концентрацией). Это необходимо для точного определения концентрации в образцах.
4. Измерение. После подготовки образцов и калибровки, пробирки с образцами помещают в Qubit, и прибор измеряет уровень флуоресценции. Основываясь на калибровочной кривой, прибор рассчитывает концентрацию ДНК или РНК в пробе.
5. Оценка качества. Qubit может использовать различные наборы для оценки качества образцов, такие как набор реагентов для высокочувствительной количественной оценки двухцепочечной ДНК dsDNA Quantification high sensitiviti Kit, 500 реакций (артикул 40042L) или для РНК Набор реагентов для высокочувствительной оценки количества РНК RNA Quantification High Sensitivity Kit, 500 реакций (артикул 40044L). Qubit также позволяет различать одноцепочечные и двухцепочечные формы ДНК, а также проводить количественную оценку при наличии загрязняющих примесей.

Преимущества использования наборов от компании BioDynami

• Высокая специфичность: измеряет только целевые молекулы (ДНК или РНК), исключая фоновые сигналы от загрязнений.
• Чувствительность: может обнаруживать низкие концентрации ДНК и РНК, что делает его полезным для анализа малых образцов.
• Простота использования: легок в использовании, требует минимального времени на подготовку образцов и позволяет быстро получать результаты.

Наборы для качественного и количественного определения нуклеотидов и белков от компании BioDynami является надежным и точным инструментом для молекулярных биологов, позволяющим проводить высококачественный анализ нуклеиновых кислот и обеспечивающим точные данные для дальнейших исследований.

Очень важно перед секвенированием проводить анализ нуклеотидов. Качество и степень деградации нуклеотидов непосредственно влияет на успех всего процесса секвенирования, а при сравнительной дороговизне процесса секвенирования, оценка качества и количества нуклеотидов является необходимой задачей.

Что входит в оценку качества и количества нуклеиновых кислот от компании BioDynami

Определение концентрация ДНК: Определение правильного количества ДНК для библиотеки секвенирования критически важно для обеспечения равномерного покрытия и минимизации артефактов в данных секвенирования.

Определение чистота образца: Наличие примесей, таких как белки, фенолы, соли или органические соединения, может негативно повлиять на ферментативные реакции при подготовке библиотек и секвенировании, приводя к ошибкам или снижению качества данных.

Определение целостность ДНК: Для большинства секвенаторов важно использовать высокомолекулярную (интактную) ДНК, особенно для длинночитаемых технологий (например, PacBio, Oxford Nanopore). Деградация ДНК приводит к укорочению фрагментов и снижению качества секвенирования.