Набор реактивов для подготовки NGS-библиотек из малого количества ДНК NGS Low Input DNA Library Prep Kit, 24 реак.

Набор  разработан для приготовления NGS-библиотек из малого количества ДНК на входе от 1 нг до 400 нг для последующего секвенирования на платформе Illumina. Данный набор позволяет исследовать образцы с ограниченным количеством ДНК такие, как опухолевый материал, биоматериал пациентов и другой специально отобранный материал (по методу FACS и др.). Набор NGS Low Input DNA Library Prep так же обеспечивает высокую специфичность при создании библиотек из ДНК с концентрацией 1 нг. Быстрый и простой 1.5-часовой протокол позволяет подготовить библиотеки с хорошим покрытием при секвенировании. Уникальные реактивы для этапов восстановления концов и лигирования снижают количество GC-участков.

Для приготовления NGS-библиотек с помощью набора NGS Low Input DNA Library Prep требуются фрагменты двухцепочечной ДНК (с тупыми или липкими концами), полученные ферментативными методами (например, с использованием ферментов BioDynami DNA fragmentation enzymes, арт.40061 и арт.40062) или физическими, такими как обработка ультразвуком, распыление и др.

Набор NGS Low Input DNA Library Prep доступен в трех форматах:

В комплекте с праймерами без индексов (арт.30022): мечение индексами отсутствует.

В комплекте с праймерами для одностороннего индексирования (арт.30024): индексирующие праймеры содержат уникальный баркод с последовательностью в 6 оснований. Возможно мультиплексирование 48 библиотек.

В комплекте с праймерами для уникального двустороннего индексирования (арт.30025): возможно мультиплексирование 96 библиотек уникальными двусторонними индексами с помощью системы индексов с отличием в 4 точках. Такой метод позволяет создавать индексы, последовательности которых отличаются минимум в 4 точках при длине в 8 нуклеотидов. Уникальные двусторонние индексирующие праймеры позволяют избежать такие часто встречающиеся проблемы при секвенировании как: «прыжки» индексов, кросс-контаминация индексов, неправильное распознавание индекса при прочтении, ошибки амплификации и ошибки демультиплексирования. Комплект праймеров содержит премикс 96 уникальных пар индексирующих.

Преимущества набора:

• Быстрый протокол

• Время работы руками занимает около 10 мин
• Готовые библиотеки за 1.5 часа
• Простая пробоподготовка
• Готовые премиксы реагентов
• Меньше компонентов реакции
• Требуется меньше магнитных частиц – до 50%

• Требуемая концентрация ДНК: от 1 нг

Сравнение специфичности при подготовке библиотек в одних и тех же условиях. Концентрация используемой ДНК при подготовке 1 нг и 10 нг, соответственно. До пробоподготовки ДНК была подвергнута механической фрагментации с использованием Covaris. Используемый набор от BioDynami: NGS Low Input DNA Library Prep Kit (арт. 30022).

Сравнение специфичности при подготовке библиотек в одних и тех же условиях. Концентрация используемой ДНК при подготовке 1 нг, 10 нг и 100 нг. До пробоподготовки ДНК была подвергнута механической фрагментации с использованием Covaris. Количество циклов в ПЦР указано.